W czerwcu 1899 roku „Ernestine” została zwodowana jako Seequatze w stoczni Karla Manthé w Wolinie na Pomorzu. Dwa lata później zarejestrowano ją w Szczecinie jako statek handlowy do przewozu ryb pod nazwą „Hildegard”. Pływała po Morzu Bałtyckim bez silników pomocniczych. Pierwszym właścicielem był hurtownik rybny Martin Stöwahse ze Szczecina, a pojemność statku wynosiła 15 metrów sześciennych.
Do II wojny światowej statek pełnił swoją pierwotną funkcję, transportując żywe ryby z łodzi rybackich do większych portów w kraju i za granicą. W tamtych czasach, gdy nie istniały jeszcze zamrażarki do przechowywania ryb, a kolej nie docierała do wielu części Pomorza, budowano statki typu Quatzen, których kadłuby miały tysiące otworów, umożliwiających ciągłe przepłukiwanie ryb świeżą wodą podczas rejsu. Quatzeny były typowymi statkami handlowymi, które musiały konkurować na Bałtyku, ponieważ najszybsze jednostki przynosiły największe zyski.
W latach 50. i 60. XX wieku „Ernestine” nadal pływała pod nazwą „WOG 100” w rejonie Wolgast i Rankwitz nad rzeką Pianą. Jednak podczas wojny statek stracił maszt, a jego maszyna i sterówka zostały wykorzystane do transportu ryb do Berlina. Rozwój technologii lodówek sprawił, że statki takie jak „Ernestine” stały się przestarzałe. Ostatecznie zacumowano ją w Wolgaście jako stacjonarną skrzynię na ryby i pozostawiono, by uległa zniszczeniu.
W latach 70. XX wieku statek został wydobyty przez Rolfa Reeckmanna z Seedorf na Rugii i przewieziony do stoczni Jahrling w Freest, gdzie kadłub został odbudowany z dębu, z wyjątkiem kilku elementów. Tym razem zrezygnowano ze skrzyni na ryby. W 1977 roku jednostka została ponownie zwodowana pod nazwą „Ernestine” i otrzymała takielunek szkunera oraz luźny kil. Data ta została wpisana do certyfikatu statku jako drugi rok budowy. Przez kolejne 25 lat Rolf Reeckmann z oddaniem zajmował się konserwacją statku, przeprowadzając liczne prace renowacyjne.
Mimo wielu remontów i przekształcenia z kutra na szkuner, w 2003 roku „Ernestine” ogłosiła upadłość i została pozostawiona w porcie Glückstadt nad Łabą. Wiosną 2005 roku Tilmann Holsten i Nele Hybsier, reprezentujący stowarzyszenie „Europejska Akademia Sztuk Uzdrawiania” w Itzehoe, odkryli statek i kupili go na publicznej aukcji. Niedługo potem jednostka wróciła na wody Pomorza, do Lassan nad Pianą, gdzie przeprowadzono doraźne naprawy.
Od 2006 roku „Ernestine” znów pływa z gośćmi po Bałtyku, przechodząc liczne remonty kadłuba i pokładu. Zimą 2006/2007 podjęto decyzję o powrocie do kutra jednomasztowego, z nowym ożaglowaniem nawiązującym do pierwotnego kształtu Quatzen. Zmieniono również nazwę z „Pomorskiego Szkunera” na „Pomorski Seequatze”, nawiązującą do oryginalnej nazwy z 1899 roku.
Latem 2011 roku „Ernestine” nie tylko wygrała regaty Hanse Sail jako najszybszy statek jednomasztowy, ale także uzyskała najlepszy czas w klasyfikacji generalnej, wyprzedzając takie jednostki jak Wylde Swan, Twister, Albert Johannes, Oll Korl, Standarth i wiele innych.
Od lata 2012 do wiosny 2013 roku statek odbył prawdopodobnie najdłuższą podróż w swojej historii: z Lassan przez Brest, Maroko, Wyspy Kanaryjskie, Maderę, Galicję, Anglię, z powrotem do Lassan. W maju 2015 roku „Ernestine” po 10 latach opuściła port w Lassan, ponieważ dostęp do niego nie zapewniał już wystarczającej głębokości wody. Została ciepło przyjęta w Lauterbach na Rugii, gdzie znalazła nowy port macierzysty.